heasoft软件安装/HXMTDAS安装 | 组内xray/脉冲星入门教程

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Dec 18, 2024

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高能数据处理软件安装，最新的请参考官网

HEASoft天文数据处理软件的安装和配置（Ubuntu系统）

网址

HEASoft

https://heasarc.gsfc.nasa.gov/docs/software/lheasoft/

HEAsoft - Download (Version 6.31)

https://heasarc.gsfc.nasa.gov/docs/software/lheasoft/download.html

1.下载软件

提交，下载较慢，耐心等待下载完成。

注意：最新版不支持和hxmt的联合安装，且无法成功安装盘反射模型。

我这里给出6.31.1版本的下载链接https://cloud.189.cn/t/BvAzm2AbaYja （访问码：ewo1）

更推荐使用最新版的heasoft。

2.安装依赖包

更新软件包：

安装heasoft依赖包:

centos7

以及一些python程序需要的包

依赖的更新请访问官网：

How To Install HEAsoft On Ubuntu Linux

https://heasarc.gsfc.nasa.gov/lheasoft/ubuntu.html

添加环境变量

3.安装heasoft

主目录下新建文件夹 software

进入software ,新建文件夹heasoft 、CALDB

将下载的heasoft压缩包解压出来。

并在终端cd进入heasoft安装文件的目录下BUILD_DIR文件夹中

centos7在编译时，可能提示configure: error: Your C++ compiler g++ is too old and is no longer supported

4.设置.bashrc

在安装结束后，需要配置环境变量

终端输入heainit 输入fv 有窗口弹出就说明heasoft安装成功

或输入xspec，如果出现Xspec版本信息，即安装成功

5.nicer的CALDB配置—响应文件生成需要

nicer官网：

The Neutron Star Interior Composition Explorer Mission

The Neutron star Interior Composition Explorer Mission

https://heasarc.gsfc.nasa.gov/docs/nicer/

下载下面两个文件并解压：

注意2024年2月6日的更新

heasarc.gsfc.nasa.gov

https://heasarc.gsfc.nasa.gov/FTP/caldb/software/tools/caldb_setup_files.tar.Z

heasarc.gsfc.nasa.gov

https://heasarc.gsfc.nasa.gov/FTP/caldb/data/nicer/xti/goodfiles_nicer_xti_20240206.tar.gz

进入~/software/CALDB/software/tools 、打开caldbinit.sh

在最后加入：

如图所示

下面的命令添加到bashrc环境：

注意保持caldb.config最新

https://heasarc.gsfc.nasa.gov/FTP/caldb/software/tools.

通用的caldb安装流程见如何安装校准数据库 --- How to Install a Calibration Database

geomag从HEASoft 6.31开始是必须的（提示和geomag相关的报错？如下操作）

添加到bashrc

打开终端运行（下载和更新）

其他安装细节参考官网：

How to Install a Calibration Database

https://heasarc.gsfc.nasa.gov/docs/heasarc/caldb/caldb_install.html

6.预估背景：3C50模型

从HEASoft 6.31开始，所有三个背景模型和辅助文件都包含在NICERDAS和NICER的CALDB中，其中nibackgen3C50用途为：从指定的OBSID中提取粗略（源+背景）光谱，并创建背景光谱。

3C50模型包含在HEASoft 6.31和NICER CALDB中。您仍然可以下载和安装单独的工具，但是这种方法现在已过时。而且独立工具未必会在未来得到更新。

所以你无需再独立安装该模型了。

HXMTDAS安装（Ubuntu系统）

慧眼官网：

HOME-Insight-HXMT-EN

http://hxmtweb.ihep.ac.cn/

软件介绍

HXMT用户数据分析软件（HXMTDAS）是一款专门针对HXMT卫星定点观测数据（包括正轴和偏轴观测）的数据处理软件。它主要产生能谱、光变、能量响应文件，后续的处理利用Xspec（能谱分析工具），Xanadu（光变分析工具），能谱文件合并使用addspec，能谱并道grapha，光变文件合并lcurve。

HXMT用户数据分析软件的执行依赖于HEAsoft包，该包的细节可以参考http://heasarc.gsfc.nasa.gov/docs/software/lheasoft/。HEAsoft是一个程序的集合，其中的FTOOLS是比较常用的程序集合。HXMTDAS可以看为HEAsoft的一个特殊（专用于HXMT数据）程序集合，并可以引入一些FTOOLS工具借以分析HXMT数据。

HXMTDAS的使用与常用的FTOOLS等工具的使用方法完全一致，并可以将FTOOLS等工具引入进来，其产生的结果也可以被Xspec，Xanadu等工具处理。

软件下载

常见问题及解决办法

1.“只安装HXMT分析软件”还是 “与HEASoft同时安装“？

HXMT分析软件和HEASoft分析软件的框架是一致的，即可以单独安装HXMT分析软件，也可以将HXMT的软件打包至HEASoft，作为一部分进行安装。

HXMT分析软件单独安装时，除了HXMT分析所需要的软件外，还包含部分ftools，例如fv, fselect，Xspec, Xronos 等。

单独安装HXMT分析软件，优点是快捷，但可能存在的问题是，若你的本地已经装有HEASoft，则会在环境变量的设置上产生冲突（HEADAS变量和CALDB等变量名冲突）。你无法在同一个终端中既初始化HEASoft，也初始化HXMT（但你可以在不同终端分别初始化两个软件，分开使用）。

与HEASoft同时安装，可以解决冲突的问题，在同一终端既使用HXMT分析软件，也使用HEASoft的软件。但请注意，HEASoft的安装源码建议为全新的、未编译安装过的安装源码包，如果利用本机已经安装过的HEASoft代码，在进行安装编译的过程中可能会出现各种编译错误。

2. 为何预安装Python及Python模块?

HXMT分析软件中的背景模块 (HXMTBKG) 会使用到Python的程序。所以你需要预先安装Python，并使用pip, conda等模块管理工具预先安装指定的模块。

3. 在 conda 环境下安装成功，但运行报错“dyld: Library not loaded: libhxmtHEmodule.dylib”?

请注意，在编译之前，Anaconda 所设置的与编译相关的 flags，对编译有影响，请取消设置相关 flags：

“unset CFLAGS CXXFLAGS FFLAGS LDFLAGS”

（刚接触的初学者无需用conda去创建独立环境，这两个卫星的环境并不会冲突）

4. macOS 10.15： configure 过程中，“ configure: error: cannot run C compiled programs”

macOS 10.14及以后的版本，g95不再支持，所以需要重新安装gcc8或gcc9，并在configure之前设置：

export CC=/usr/local/gcc-9.2/bin/gcc-9.2

export CXX=/usr/local/gcc-9.2/bin/g++-9.2

export FC=/usr/local/gcc-9.2/bin/gfortran-9.2

再重新进行配置

./configure

5. make 过程中提示某 ”.o”文件无法执行。

可能是遗留了一些之前编译的可执行文件。只需make clean (或make distclean)，再执行 make

6. 部分系统，安装后出现多个 “x86_”文件夹

部分系统安装后，无任何报错，而在安装的路径下，会出现两个”x86“开头的文件夹。例如 :“x86_64-pc-linux-gnu-libc2.23”和 “x86_64-pc-linux-gnu-libc2.23-2”。两个文件夹下的内容，都为软件所需要的内容，我们需要将二者合并（保持文件夹结构不变，重复内容覆盖）。可使用如下命令：

rsync -av --progress x86_64-pc-linux-gnu-libc2.23-2/* x86_64-pc-linux-gnu-libc2.23/

然后可删除 x86_64-pc-linux-gnu-libc2.23-2 文件夹

rm -rf x86_64-pc-linux-gnu-libc2.23-2

7. make进行编译过程中报错

见官网

数据分析软件安装指南v2.05(中文)-Insight-HXMT

http://hxmtweb.ihep.ac.cn/documents/647.jhtml

联合安装（Ubuntu Linux 用户的安装）

软件准备：

a. 下载HEASoft软件包（需要选择源码安装包，以6.28为例）

b. 下载HXMT 用户分析软件v2.05 源码安装包。

c. 下载并安装 Python （须使用 Python 3.x 版本）。

d. 安装以下Python 模块：astropy numpy matplotlib os sys time scipy datetime collections argparse glob xlrd xlwt

（一般使用pip install astropy 模版就可以安装好对应的python模块，但有些模块比如glob,需要pip install glob2才可以。这些不影响软件安装，有需要的自行查找各模块的用途和安装命令。）

e. 预安装一些编译中要用到的软件包：

安装编译：

a. 解压：

ls可以看到 HXMT用户分析软件安装包内有如下文件

BUILD_DIR HEASOFT-INSTALL.TXT attitude ftools heagen heatools tcltk CMakeLists.txt Release_Notes_6.28 demo heacore heasptools hxmt

b. 将上述hxmt 文件夹（从HXMT分析软件安装包中）拷贝到HEASoft 文件夹

c. 修改HEASoft 中的configure文件

使用你熟悉的文本编辑器，将configure文件中的mpfit_required=no 修改为 mpfit_required=yes

(第3190行）

d. 配置：

./configure --with-components="heacore tcltk external attitude heasptools heatools heagen demo suzaku swift Xspec integral maxi nicer nustar hitomi xmm glast ftools GSSC heasim hxmt"

上述加粗的为HEASoft中你可以选择安装的各个卫星的模块，在最后加入hxmt，即可以将HXMT用户分析软件与其他HEASoft模块一起安装。

e. 编译：

如果编译成功（显示Finished，或无Error），则成功编译软件，最后设置环境变量即完成安装。

f. 设置环境变量：

对于使用csh，tcsh的用户

setenv HEADAS /path/to/hxmtsoft/(PLATFORM)

source $HEADAS/headas-init.csh

对于使用sh，ash，ksh，bash的用户（ubuntu默认为bash）

不同的计算机上述的 (PLATFORM) 会有所不同，例如 PLATFORM 可能为 x86_64-pc-linux-gnu-libc2.23，安装完成后，可在你指定的安装路径下查看以“x86”开头的文件夹名称。请注意，在部分Linux操作系统中，安装后会出现两个 “x86”开头的文件夹（详见第五章”常见问题及解决办法”），需合并该文件夹后再指定 (PLATFORM)。

安装好后输入mepical，会提示输入文件

标定数据库的安装

在成功安装了HXMT用户分析软件后，需安装及配置标定数据库CALDB，才能正确处理数据。根据两种安装方式“只安装 HXMT 用户分析软件”和“与HEASoft同时安装”，我们标定数据库的安装方式也略有区别。

a. 下载HEASoft的标定数据库CALDB，得到压缩文件CALDB.tar.gz

b. 将CALDB存放至你指定的目录下（我们以 /path/to/caldb/ 为例）

c. 下载HXMT标定数据库CALDB，得到压缩文件CALDB2.04.tar.gz

d. 解压：

gunzip CALDB2.06.tar.gz

tar xvf CALDB2.06.tar

e. 将CALDB2.06中的hxmt相关内容拷贝至HEASoft的CALDB中去：

cp -r CALDB2.06/data/hxmt /path/to/caldb/CALDB/data/

f. 修改CALDB中的caldb.config文件。将CALDB2.06中的caldb.config文件中的内容添加至CALDB中的caldb.config文件：

cat CALDB2.06/caldb.config >> /path/to/caldb/CALDB/software/tools/caldb.config

g. 设置环境变量：

对于使用sh，ash，ksh，bash的用户

可以使用echo $CALDB，查看CALDB目录

查看:

单独安装

软件准备：

a. 下载HXMT 用户分析软件v2.05 源码安装包。

b. 下载并安装 Python （须使用 Python 3.x ）。

c. 安装以下Python 模块：astropy numpy matplotlib os sys time scipy datetime collections argparse glob xlrd xlwt

d. 预安装一些编译中要用到的软件包：

安装编译：

a. 解压：

gunzip hxmtsoftv2.05.tar.gz

tar xvf hxmtsoftv2.05.tar

b. 配置：

cd hxmtsoftv2.05/BUILD_DIR

./configure

软件默认会安装到 /usr/local 路径下，如果你没有该路径的权限，则在安装或使用的过程中会要求你使用管理员权限。我们建议将HXMT用户分析软件安装至你拥有读、写权限的本地目录，使用 --prefix 参数指定安装路径（我们以/path/to/hxmtsoft/ 路径为例）：

cd hxmtsoftv2.05/BUILD_DIR

./configure --prefix=/path/to/hxmtsoft/

如果配置（configure）这一步未报错，则可进行下一步编译，如果报错，请先排查错误重新配置（进官网查看常见错误见第五章“常见问题及解决办法”），直到配置成功才可进行下一步的编译。

c. 编译：

make

make install

编译过程中可能遇到的问题见官网第五章“常见问题及解决办法”。如果编译成功（显示Finished，或无Error），则成功编译软件，最后设置环境变量即完成安装。

d. 设置环境变量：

对于使用csh，tcsh的用户

setenv HEADAS /path/to/hxmtsoft/(PLATFORM)

source $HEADAS/headas-init.csh

对于使用sh，ash，ksh，bash的用户

export HEADAS=/path/to/hxmtsoft/(PLATFORM)

source $HEADAS/headas-init.sh

标定数据库CALDB安装

a. 下载HXMT标定数据库CALDB，得到压缩文件CALDB2.06.tar.gz

b. 解压：

gunzip CALDB2.06.tar.gz

tar xvf CALDB2.06.tar

c. 将标定数据库移动到你所指定的目录（可以自己选择存放标定数据库的目录，我们建议移动到HXMTSoft安装后的目录下，我们以/path/to/caldb/为例）

cp -r CALDB2.06 /path/to/caldb/

d. 设置环境变量

对于使用csh，tcsh的用户

setenv CALDB /path/to/caldb/CALDB2.06

setenv CALDBCONFIG $CALDB/caldb.config

setenv CALDBALIAS $CALDB/software/tools/alias_config.fits

对于使用sh，ash，ksh，bash的用户

export CALDB=/path/to/caldb/CALDB2.06

export CALDBCONFIG=$CALDB/caldb.config

export CALDBALIAS=$CALDB/software/tools/alias_config.fits

问题

heasp_wrap.cxx:3721:10: fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory

python -c "import numpy; print(numpy.version, numpy.file)"，看是否安装了numpy、如果安装了编译过程中无法找到 numpy/arrayobject.h 文件，需要

再重新编译